Die Einführung von EMCS ist komplex und in mehrere Phasen gegliedert. Seit November 2009 besteht die Möglichkeit den Versand von verbrauchsteuerpflichtigen Waren „im nationalen Teil“ elektronisch abzuwickeln. Verpflichtend werden e-VDs innerhalb von Österreich ab Februar 2010. Ab April 2010 müssen alle betroffenen Wirtschaftstreibenden in der EU in der Lage sein, elektronische Verwaltungsdokumente zu erhalten und den Erhalt elektronisch zu bestätigen. 2011 soll dann das gesamte System auf EMCS umgestellt sein.

Im Übergangszeitraum werden das papiergestützte und das elektronische System parallel existieren.